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在幕末動盪的安政年間，盜賊四起、人心惶惶...
一群匪賊又開始對著往來的行者燒殺掠奪，一名喚「心太」男孩，眼看著被殘殺的同伴一一死在眼前，竟也持起沉重的刀劍，企圖保護他們。但同行的大姊姊卻以身體、性命保護這個年幼的孩子。她在心太的耳邊不斷的要他「選擇自己的生活方式，將他們的份一起活下去」...而心太卻只能眼睜睜的看疼愛自己的大姊姊慘死的眼前，直到劍客「比古清十郎」的出現，救了唯一倖存的心太...
比古再度回到慘劇發生的地點，卻看到心太為所有的人造墓，無論是收留他的人口販子、大姊姊、強盜。瘦小的身軀卻背負著這些無法比擬的重量、生命、希望...比古決定教心太劍術，並且將他過於善良的他改名為「劍心」，收他為嫡傳弟子，將所學「飛天御劍流」全數傳授給他，讓他能夠度過往後艱苦的歲月，並且保護人們，以及徹底保護最重要的東西...
1864(元治元)年，一個紅髮的少年出現在京都街頭，以「天誅」為名，殺害了許多政要官員，這天，他再度履行他暗殺的任務，以一把刀、一個信念，企圖改變這動亂的世代...然而，在這次的暗殺行動中，出現了強烈求生的「清里」，為了他心愛的未婚妻─巴，他沒有精湛的劍術，卻隻身來到這動盪的京都，想要闖出個名堂，沒想到還是遇上了這命定的劫數，是不甘心於這樣的結果吧！他不斷的反抗、抵制，只求能夠活下去，但是在幾經纏鬥後，還是不敵劍術高強的殺手─緋村拔刀齋，而命喪黃泉。但是他還是用盡生命，在拔刀齋的左頰畫下了一道血痕，似乎訴說他的不甘...
心靈沒有受到污染的劍心，面對身為殺手的自己開始感到矛盾，當初硬要求師傅讓他下山，就是希望能以手中的劍，拯救正在受苦受難的人們，但是單純的他，卻只憑這股熱忱，以稚齡的心智，投入了滾滾的時代洪流之中，就這樣選擇了自己的人生。在長州藩奇兵隊的選拔中，他年幼的身軀卻擁有驚人的劍技，而讓長州藩領導志士─桂小五郎看上，他希望借助「飛天御劍流」開創心目中的理想世代...「在弄髒我自己的血鬥，及那些犧牲的性命之背後，如果會創造出人人都能安靜過活的新時代，我...將代替上天，不斷斬人！」就這樣，劍心成為了人人聞之喪膽的「劊子手拔刀齋」。
一個雨夜裡，在劍心完成暗殺任務的路上，遇上了同為「影子殺手」刺客，而他的任務就是殺掉屬長州藩的刺客─緋村拔刀齋。在一陣廝殺之後，血，濺上了一個身著白衣紫領和服的女子，「你...真的是...降下了血雨...」血腥味混合著白梅香...命運的轉輪啟動於兩人之間...
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