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明治26年，中國的海面刮起了大風浪，劍心拯救了一位快將墮海的船員，自己卻捲進那片只有黑暗的海裏去...
 不知情的薰一直在東京等候著劍心，這樣的她讓身旁的人都感到十分擔心，唯獨劍路在這個時候卻待在京都跟隨比古清十郎學習御劍流劍術。日清戰爭時期，劍心受山縣的妥託到中國輔助日本，這樣一別，卻沒有再回到東京。
薰回到道場，看著那樁被刻上劍痕的木柱，不禁回想起過去與劍心的種種。薰昏倒在道場裏，模糊間思緒被帶回明治十一年的東京，自從與劍心相遇的那個晚上開始，彷彿一切也註定了...
明治十一年，劍心住進了神谷道場，看著他總是帶著微笑的臉，薰不禁想像他這樣溫柔的人，為甚麼要殺人呢？在這個平靜的明治時代裏，為甚麼他仍不能放棄用劍呢？劍心憶起昔日赤空對自己說的話「
由劍開始也要由劍終結，沒有別的路可走。」雖然劍心還沒弄懂繼續用劍可以做些甚麼，但是他卻想：在找到答案以前，至少可以用這逆刃刀保護身邊的人。
薰想起父親的過去，希望自己可以替劍心分擔，與他一起背負命運，但在這時刃衛卻出現了。薰被刃衛擄走，劍心只好前往應戰。刃衛指薰不了解幕末時代的劍心「拔刀齋強到讓人只要聽到他的名字，就會全身起雞皮疙瘩。」語畢，那帶著可怕目光的拔刀齋便出現在二人面前。
開始的時候，劍心處於下風，可是一下子形勢馬上就逆轉了，刃衛不敵變回拔刀齋的劍心，正當劍心要拔出凶刀，解決刃衛的時候，薰卻出言阻止。劍心放下手上的刀，刀衛卻把刀剌進自己的胸口「殺手就是殺手，到死還是殺手--無法改變的...」這句話一直徘徊在劍心腦海。
薰與劍心到河畔賞櫻花，一陣微風刮起，薰忙者撥弄頭髮，轉眼間劍心流失在面前，換來的卻是齋藤出現在道場，大久保死於馬車內以及劍心要離開自己的影象...劍心前往京都，先後與宗次郎及志志雄等人大戰，薰也在此期間弄清自己的心意，最後與劍心回到東京。
 惠向薰說明劍心的身體狀況，薰向劍心表示希望可以跟他永遠在一起。「那是不可能的...到最後每個人會走到自己的路，過自己的人生。」「但是我想永遠和你一起。」看著薰在夕陽下的臉，劍心終於也答應了...
好景不常，二人回到道場後發現了「人誅」的字條，劍心意會到將會發生的事情，離開了道場，薰只得擔心的看著那消失的背影。晚上，劍心失神的走回道場，令薰感到十分擔心，然而看著薰和悅的臉，劍心終於也把十字傷隱藏的事告訴著薰。薰正為劍心的過去而痛心著，就在這時，緣出現把薰擄走...
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